Le site Natura 2000 « Massif des Albères » s’étale sur une partie du massif du même nom et présente trois zones au relief différent : le piémont peu pentu, une partie intermédiaire avec des alvéoles en forte pente et les crêtes. Culminant à 1174 m au Pic de Pradets et chevauchant à l’est une partie du site Natura 2000 Côte rocheuse des Albères, le site accueille une série remarquable d’étages de végétation, du thermo méditerranéen (parties abritées proches du littoral) au montagnard (hêtraies, milieux rocheux, nardaies), en passant par le méditerranéen (maquis, chênaies). De nombreuses espèces d’intérêt communautaire sont également présentes sur le massif, justifiant la désignation du site du Massif des Albères au titre de la « directive Habitat Faune Flore ». La diversité des milieux et la présence d’un passage migratoire majeur explique d’autre part la diversité des espèces d’oiseaux rencontrés, justifiant la désignation du site au titre de la « directive Oiseau ».
Les principaux enjeux écologiques sur ce site d’après les deux DOCOB sont les suivants :
- 17 habitats naturels d’intérêt communautaire ont été recensés. Pour le réseau de sites Natura 2000, le Massif des Albères a une très grande responsabilité pour 4 de ces habitats qui ont tous un caractère purement méditerranéen : les mares temporaires méditerranéennes à Isoètes (3170-1) ; la suberaie des Pyrénées-Orientales (9330-4) ; l’Aulnaie à Osmonde royale (92A0-5) ; la végétation des rochers et murettes siliceux de l’étage méditerranéen (8220-17)
- 14 espèces animales d’intérêt communautaire dont 5 enjeux forts : le Rhinolophe euryale, le Damier de la Succise, le Pique prune (ou Barbot), l’Emyde lépreuse, le Barbeau méridional
- 14 espèces d’oiseaux figurant en Annexe I de la Directive Oiseaux (et de nombreuses espèces migratrices) dont 3 faisant l’objet d’une très forte responsabilité pour le site : le Cochevis de Thékla, l’Aigle de Bonelli, le Crave à bec rouge
